中国微生物学会（Chinese Society for Microbiology，简称CSM）是由全国微生物学科技工作者和单位自愿组成、中华人民共和国民政部依法登记的全国性、学术性、公益性法人社会团体，是非营利性的社会组织，是发展我国微生物学科事业的社会力量。中国微生物学会成立于1952年12月18日。早在1928年，由我国现代医学的先驱伍连德、谢和平和林宗扬等发起，即在北京成立过中国微生物学会。

1937年改称中国病理学微生物学会(The Chinese Society of Pathology and Microbiology)，移会址于上海，有会员50多人，并举行过学术讨论会。1945年在广州开过大会，到会者百余人。1949年新中国成立后，于1950年在中华医学会首都大会上成立过中华微生物学会。这是中国微生物学会于1952年正式成立前的孕育阶段。

1952年正式成立中国微生物学会，在北京召开第一次全国代表大会，理事长为著名微生物学家汤飞凡教授，成立之初全国有19个省级分会，会员189名。现在学会成立六十年来，不断发展壮大，全国各省、市自治区都建立了微生物学的学术组织，目前已有会员近1.6万人，成立了21个专业委员会和5个工作委员会。这是我国社会主义建设和科学事业迅猛发展，国力增强的缩影。

中国微生物学会1958年前是中华全国自然科学专门学会联合会（中国科协前身）的团体会员，1958年全国科联和全国科普合并，改组为中国科协，中国微生物学会即转为中国科协的团体会员，在中国科协的领导下开展工作，挂靠在中国科学院微生物研究所。六十年来，本学会在中国科学技术协会和挂靠单位中国科学院微生物研究所的领导下，依靠会员，做了大量的工作，取得了很大的社会效益和一定的经济效益。出版高质量的学术性刊物，是几代学会会员始终坚持的工作，从学会成立之初只主办《微生物学报》一种刊物，现在主办的刊物则已达7种之多。